Người Athena giận Phokion vì thái độ khuất phục của ông đối với nền cai trị của Antipatros. Cái chết của Demosthenes bởi người Makedonia lại khiến Phokion bị căm ghét hơn.

Năm 319 TCN, Antipatros chết. Ông không trao quyền lại cho con trai Kassandros mà lại cho tướng Polyperchon. Kassandros liền tìm cách dấy binh chống lại Polyperchon, ông ta đưa Nikanor sang Athena thay thế cho Menillos. Phokion lại tìm cách làm thân với Nikanor và thuyết phục ông này thực hiện chính sách cai trị khoan dung với Athena. Theo lời khuyên của Phokion, Nikanor chi nhiều tiền tổ chức một cuộc vui chơi lễ hội lớn trong thành phố.

Để chống lại Kassandros, Polyperchon tìm cách lợi dụng thế lực đối nghịch với Phokion. Lúc này ở Athena chia làm hai phe: phe quý tộc (có Phokion tham gia) ủng hộ Kassandros và phe bình dân ủng hộ Polyperchon. Polyperchon liền gửi một bức thư đến Athena hứa hẹn sẽ khôi phục lại chế độ dân chủ lúc xưa. Bức thư này khiến dư luận Athena bị kích động và Nikanor phải đích thân đến gặp các lãnh đạo Athena để dàn xếp. Nikanor tin rằng mình sẽ đến nơi an toàn nhờ vào uy tín của Phokion, tuy nhiên người Athena đã bắt giữ ông ta và Nikanor buộc phải đào thoát với sự giúp đỡ của chính Phokion. Việc này khiến Phokion bị chỉ trích kịch liệt, nhưng Phokion tuyên bố ông vẫn tin tưởng vào Nikanor.

Tuy nhiên, Phokion đã quá nhẹ dạ khi tin rằng Nikanor vẫn còn giữ thiện ý sau sự kiện này. Ngay sau đó, Nikanor lập tức xua quân đánh chiếm cảng Piraeus. Ban đầu, Phokion không chịu chỉ huy người Athena đánh Nikanor, đến khi ông chấp nhận bắt tay vào làm việc thì binh lính không còn muốn nghe lời ông nữa. Người Athena nổi loạn chống lại Phokion. Cùng lúc đó, Polyperchon cho con trai là Alexandros mang quân đến Athena với danh nghĩa là chống lại Nikanor. Theo chân Alexandros, nhiều nhân vật chính trị đối nghịch cũng theo về Athena. Phokion bị thất sủng và mau chóng bị truất phế.

Ngay lập tức, Agnonides, một địch thủ chính trị của Phokion, lên tiếng cáo buộc ông phản quốc vì đã dung dưỡng cho Nikanor. Dưới sự ủng hộ của Polyperchon, Phokion và nhiều người khác bị bắt giam và bị đưa ra tòa xét xử. Phiên tòa có sự tham dự của cả nô lệ, người ngoại quốc và những người từng bị trục xuất. Phokion nói "Ta thừa nhận là ta có tội, ta đáng tội chết. Nhưng tại sao lại đòi xử chết những người khác không phạm lỗi gì ?". Người ta trả lời rằng ngay cả làm bạn bè với Phokion cũng là một tội lỗi. Kết quả, Phokion và mười người khác bị xử tử hình bằng thuốc độc theo luật Athena.

Khi các tử tù bị hành hình, họ phát hiện ra rằng liều thuốc độc quá ít không thể giết họ ngay. Nhân viên thi hành án bèn đòi tiền để lấy thêm thuốc. Người ta trả cho anh này 12 drachma, còn Phokion mỉa mai người Athena thậm chí không thể chết nếu thiếu tiền.

Người Ạthena không cho chôn cất thi thể của Phokion tại Athena, thậm chí việc hỏa táng xác của ông cũng bị cấm. Cuối cùng, một người tên là Conopion được thuê để lén đưa xác Phokion vòng qua biên giới Megara để hỏa táng. Trong khi đó, vợ của Phokion xây một ngôi mộ trống, rồi chờ nhận tro xương của chồng về để chôn cất bí mật. Năm 317 TCN, Kassandros giành lại quyền kiểm soát Athena. Lúc này, dư luận Athena lại đổi chiều. Người ta chi tiền cải táng cho Phokion rồi dựng tượng ông trong thành phố. Agnonides bị xử tử, hai người khác là Epikouros và Demophilos tìm cách bỏ trốn nhưng bị Phokos, con trai của Phokion, lùng bắt được và giết chết.